19199年，地球遭到外星人和伽美拉斯帝国的入侵。Gamelas在冥王星上建立了一个正面基地，并对地球进行了不分青红皂白的攻击。海水蒸发，地球变成红棕色，地球上的生物死于放射性污染。人类建造了地下城市，形成了地球防御力量，抵抗仍在继续，在科学力量出现之前没有任何技术，放射性污染在地下发展，在大约一年的时间里，人类濒临灭绝。最后一支地球防御舰队在冥王星空域与伽美拉斯太空舰队的战斗中崩溃，人类生存的希望似乎被彻底粉碎。然而，其中一艘在海战期间从外太空飞行的航天器将被运送到火星。其中，伊斯坎达尔发出了一条救济信息，“来接收放射性去除装置，宇宙清洁剂D”和航行所需的波浪发动机的设计。波浪引擎安装在大和号上，大和号在最秘密的情况下被改造成了太空战舰，目的从地球逃生变成了接收放射性去除装置和宇宙清洁剂D。太空战舰大和号如果在1年内不返回148000光年以外的大麦哲伦云的伊卡纳尔星，将在人类毁灭的情况下给人类带来最后的希望。大和与伽美拉斯帝国作战，在未知空间克服障碍的同时瞄准了这颗岛国之星。